Capítulo 11 Instalando pacotes
Quando instalamos nosso ambiente computacional R e RStudio, instalamos uma versão básica, onde apenas os recursos básicos do R estão diponíveis, o pacote básico (base) do R.
Os pacotes (packages) do R são compostos por uma biblioteca (library) que é um conjunto de funções. Por exemplo, do pacote base usamos as funções min(), max(), mean(), median(), table(), var(), sd(), summary(), etc.
Para ver a lista de funções que compõem a bilbioteca do pacote base, execute o código:
library(help = "base")Os pacotes são análogos aos aplicativos que instalamos nos nossos celulares, são módulos que agregam funcionalidades específicas. Ao longo das nossas atividades usaremos alguns desses pacotes.
Como nesse momento estamos interessados em otimizar o trabalho para realizar uma análise descritiva dos dados, então vamos instalar um pacote chamado gtsummary (https://www.danieldsjoberg.com/gtsummary/).
O pacote gtsummary nos fornecerá uma tabela resumo de todo banco de dados, otimizando bastante nosso trabalho de resumir o banco de dados.
IMPORTANTE 1: instalamos um pacote apenas uma vez (como um aplicativo no celular… a gente só refaz a instalação se o app bugar!)
IMPORTANTE 2: todas vez precisamos carregar o pacote com as funções que queremos usar por meio da função library()
Veja o código:
# comando para instalar o pacote gtsummary
install.packages("gtsummary")
# comando para carregar a biblioteca de funções do gtsummary
library(gtsummary)
# a função que vamos usar para gerar uma tabela que resume os dados é
# tbl_summary
tbl_summary(mcdonald)Ao executar tbl_summary(mcdonald) a tabela de resultados será mostrada na área de arquivos, gráficos, pacotes… na aba Viewer, no quadrante abaixo do ambiente de memória.
Essa tabela pode ser copiada e colada para o editor de texto que você utiliza para escrever seus trabalhos, claro essa tabela pode ser melhorada!
Observe no rodapé da tabela a seguinte legenda n (%); Median (IQR), isso significa que para
variáveis qualitativas: n é a contagem (frequência absoluta) e entre parenteses (%) é mostrado a porcentagem de cada categoria.
variveis quantitativas: Median é a mediana e entre parenteses (IQR - de InterQuantile Range) estão o primeiro e terceiro quartil respectivamente.
11.1 Exemplo 1
Como mostrar o resultado com a média e desvio padrão?
# acrescente nos argumentos da função tbl_summary() a opção:
# statistic = list(all_continuous() ~ "{mean} ({sd})"
tbl_summary(
mcdonald,
statistic = list(all_continuous() ~ "{mean} ({sd})")
)11.2 Exemplo 2
Como selecionar somente algumas variáveis do banco de dados?
# Precisamos do pacote tidyverse, tire o símbolo de # se precisar instalar!
# install.packages("tidyverse")
# ative tidyverse
library(tidyverse)
# vamos usar a função select() do pacote tidyverse
dadosSelecionados <- select (mcdonald, Cholesterol, Sodium, Carbohydrates)
# faça uma tabela para o objeto dadosSelecionados
tbl_summary(dadosSelecionados)11.3 Exemplo 3
Algumas vezes é mais fácil excluir algumas variáveis, por exemplo queremos todas, menos Item e Serving Size
# vamos usar a função select() do pacote tidyverse e colocar o sinal de menos (-)
# antes dos nomes das variáveis que queremos excluir
# IMPORTANTE: Serving Size é um nome de variável com espaço
# então devemos referênciá-la entre aspas: `Serving Size`
dadosSelecionados2 <- select (mcdonald, -Item, -`Serving Size`)
# faça uma tabela para o objeto dadosSelecionados2
tbl_summary(dadosSelecionados2)11.4 Exemplo 4
Como selecinar um conjunto de variáveis que estão em sequência, por exemplo, de Carbohydrates a Cholesterol (% Daily Value)
# vamos usar a função select() do pacote tidyverse e colocar o sinal de dois pontos (:)
# entre a primeira variável e a última da sequência
# IMPORTANTE: Cholesterol (% Daily Value) é um nome de variável com espaço
# então devemos referênciá-la entre aspas: `Cholesterol (% Daily Value)`
dadosSelecionados3 <- select (mcdonald, Carbohydrates:`Cholesterol (% Daily Value)`)
# faça uma tabela para o objeto dadosSelecionados
tbl_summary(dadosSelecionados3)Saiba mais sobre o Tidyverse https://www.tidyverse.org/packages/